Irlandzki Kościół zaczął przeżywać kryzys wraz z ujawnieniem przypadków pedofilii wśród księży na w latch 80. i początku lat 90. 

W tym samym okresie upubliczniono informacje o trzech szeroko znanych duchownych. Wynikało z nich, że biskup Eamonn Casey miał dziecko, które utrzymywał za pieniądze kościelne, a goszczący w mediach ksiądz Michael Cleary był przez wiele lat związany z kobietą, z którą miał dwójkę dzieci. 

Kolejny ksiądz Martin Clancy, w swym testamencie spisanym przed śmiercią w 1993 roku pozostawił pieniądze kobiecie, którą 20 lat wcześniej zgwałcił jako zaledwie 14-letnią dziewczynkę. W wyniku tego gwałtu urodziła ona dziecko. 

Według raportu sędziny Yvonne Murphy jednym z najgorszych przypadków był ksiądz Bill Carney. Raport opisał Carneya jako osobę, która „seryjnie wykorzystywała seksualnie dzieci, zarówno chłopców, jak i dziewczynki”. Istnieją skargi i podejrzenia o molestowanie przez Carneya 32 konkretnych osób. Raport dodaje także, że są dowody, że wykorzystał dużo więcej dzieci. 

W 1983 Carney przyznał się i został skazany za dwa przypadki seksualnego molestowania dzieci, otrzymując wyrok w zawieszeniu. Sprawa nie była nagłaśniana w mediach. Sześciu rodzinom zostało wypłacone odszkodowanie i Carney wkrótce wrócił do pracy, gdzie nadal miał dostęp do dzieci. Biskup James Kavanagh chronił wówczas Carneya przed wymiarem sprawiedliwości, w celu uniknięcia skandalu dla Kościoła katolickiego. 

W 1992 roku Kościół skazał Carneya w wewnętrznym postępowaniu za nadużycia seksualne wobec dzieci. Ten jednak odmawiał opuszczenia parafii, więc Kościół wypłacił mu 30 tys. funtów, żeby skłonić go do odejścia[81]. Jedną z ofiar Carneya był 13-letni Paul, który został zgwałcony w latach 80. Paul w 2004 roku opowiedział policji o gwałcie. Widząc jednak, jak sprawa Carneya jest prowadzona przez kler i policję (unikających postawienia Carneya przed sądem i konfrontacji z ofiarą), popełnił samobójstwo. 

Tego samego roku w Szkocji Carney się ożenił. Na początku 2010 roku odnalazła go na Wyspach Kanaryjskich reporterka BBC. Ojciec Brendan Smyth w roku 1994 został skazany prawomocnym wyrokiem przez sąd w Belfaście za nadużycia seksualne wobec 17 dzieci. Potem kolejny wyrok zapadł w roku 1997 w Dublinie. Ojciec Smyth został skazany za nadużycia wobec 74 dzieci. 

Nadużycia seksualne miały miejsce w latach 1945 – 90 i mogły dotyczyć większej grupy ofiar. Ojciec Smyth dopuścił się tych zbrodni korzystając z roli jaką pełnił w lokalnej społeczności katolickiej. Co więcej, dochodzenie wykazało, że inni duchowni należący do zakonu norbertanów przez wiele lat ukrywali zbrodnie ojca Smytha przed wymiarem sprawiedliwości.

Gdy w 1999 roku Colm O'Gorman, w dzieciństwie zgwałcony przez księdza Seána Fortune’a, wystąpił na drogę sądową, pociągnął za sobą inne ofiary, których łącznie było 66. Jeszcze przed rozpoczęciem procesu ksiądz Fortune popełnił samobójstwo.

Kolejna sprawa z 2002 roku dotyczyła ojca Jim Grennana, który molestował dzieci podczas nauki do Pierwszej Komunii. 

Przypadek ojca Grennana – oraz kilka innych podobnych spraw – miały miejsce w diecezji Ferns i doprowadziły do rezygnacji jej biskupa Brendana Comiskeya, który przyznał, że nie reagował na przypadki molestowania seksualnego dzieci wśród księży. 

Podobne incydenty w archidiecezji dublińskiej zaciążyły na reputacji kardynała Desmonda Connella. Zasadniczym organem powołanym do zbadania sprawy przestępstw wobec dzieci w szkołach irlandzkich była powołana w 2000 przez rząd Irlandii Komisja Dochodzeniowa W Sprawie Represji Wobec Dzieci (Commission to Inquire into Child Abuse). 

Na str. 177 Raportu Komisji wymienione są zasady i opis dochodzeń wobec katolickich instytucji i organizacji religijnych prowadzących szkoły i internaty, gdzie przestępstwa takie miały mieć miejsce. Podobnie jak w przypadku szkół rezydencjonalnych w Kanadzie, przestępstwa na tle seksualnym były częścią ogólnych dochodzeń i oskarżeń. 

Drugim podobieństwem jest fakt, że duża ilość tych wykroczeń popełniona była w placówkach prowadzonych przez Braci Chrześcijańskich, zakonu świeckiego który powstał w Irlandii i stamtąd rozprzestrzenił się na inne prowincje kościelne. 

Po tych wydarzeniach specjalnie powołana komisja kościelna wszczęła własne śledztwo. Jego efekty zaprezentował w 2005 roku arcybiskup Diarmuid Martin. Według komisji rządowej w latach 1962-2002, z samej diecezji w Ferns, 21 księży dokonało ponad 100 aktów molestowania seksualnego. Jeden z raportów dot. przestępstw duchownych sporządzono w archidiecezji dublińskiej i w 2006 roku ogłoszono, że od 1940 roku w archidiecezji działało 102 księży pedofilów, z czego 91 księżom postawiono zarzuty. Liczba ofiar molestowania seksualnego sięgnęła 400.

20 maja 2009 roku Komisja Rządowo-Kościelna opublikowała kolejny raport (Raport Ryana) w sprawie molestowania i nadużywania przemocy, w ponad 200 domach opieki i sierocińcach zarówno kościelnych, jak i państwowych (prowadzonych przez zakonnice, zakonników oraz księży). Raport liczy 2600 stron i powstał w oparciu o zeznania prawie 2 tysięcy osób oraz o dokumentację kościelną i rządową. 

Raport ustalił, że w latach 1936-1990 co najmniej 800 księży, zakonnic i zakonników w tych ośrodkach dopuściło się wobec wychowanków takich praktyk, jak przemoc fizyczna, przemoc psychiczna, molestowanie seksualne, gwałty i zmuszanie do niewolniczej pracy ponad siły. Liczbę ofiar oszacowano na około 30 tysięcy. Ogłoszenie tego raportu wzbudziło w irlandzkim społeczeństwie kolejny szok i oburzenie, co może w znaczący sposób przyspieszyć jeszcze bardziej i tak już drastyczny proces sekularyzacji w Irlandii.

W lipcu 2009 roku ukazał się kolejny, czwarty raport na temat nowych przypadków nadużyć seksualnych przez księży w archidiecezji dublińskiej począwszy od 1940 roku. Dotyczył on 46 księży, w tym 19 biskupów i 4 arcybiskupów. Z tej liczby 11 już zostało skazanych, a dalszych 4 jest ogólnie znanych z imienia i nazwiska. 26 listopada 2009 Daily Telegraph opublikował dokument pod nazwą „Raport na temat stosunku władz kościelnych i świeckich do zarzutów i podejrzeń seksualnego wykorzystywania dzieci w archidiecezji w Dublinie”. 

Wynika z niego, że Kościół katolicki w Irlandii krył swoich księży, którzy molestowali i seksualnie wykorzystywali dzieci. 700. stronicowy raport jest wynikiem trzyletniej pracy komisji, której przewodniczyła sędzia Yvonne Murphy[88]. Przeanalizowano przypadki 46 księży od 1975 r., ale faktycznie sięgnięto do lat 40. XX w. Fragmenty raportu utajniono w związku z możliwymi procesami karnymi.

15 marca 2010 kardynał Seán Brady potwierdził, że w roku 1975 był obecny, gdy dwie spośród ofiar księdza pedofila Brendana Smytha zostały zmuszone do podpisania zobowiązania zachowania milczenia. Wypowiedź Brady’ego wywołała falę krytyki jego postępowania. 

Jeśliby Brendan Smyth został osądzony w latach 1970., sądzę, że setki dzieci zostałyby ocalone od aktów pedofilii stwierdził Maeve Lewis, przewodniczący grupy One in Four stowarzyszającej ofiary pedofilii. Zażądał też odejścia kardynała. Szef irlandzkiej sekcji Amnesty International, Colm O'Gorman, powiedział, że Brady musiał być świadom wagi owych przestępstw seksualnych i że powinien był powiadomić o nich organy ścigania. 

Jest obsceniczne, że ofiary gwałtu były zmuszane do złożenia przyrzeczenia milczenia, powiedział, również domagając się odejścia Brady’ego.

W lipcu 2011 ministerstwo sprawiedliwości Irlandii opublikowało raport dotyczący przypadków molestowania seksualnego dzieci przez duchownych w diecezji Cloyne. Był to już czwarty z rządowych raportów dotyczących seksualnego wykorzystywania dzieci i Kościoła katolickiego. 

Różnił się od pozostałych tym, że dotyczył okresu, kiedy wytyczne dotyczące zgłaszania przypadków molestowania były już jasno ustalone. 

Raport stwierdził m.in., że:

  • biskup John Magee fałszywie oznajmił rządowi i przedstawicielom ochrony zdrowia, 
  • że wszystkie oskarżenia o nadużycia są zgłaszane władzom; 
  • biskup także celowo wprowadził w błąd osoby zajmujące się przypadkami nadużyć tworząc dwie różne wersje dokumentu opisującego przebieg spotkania z księdzem podejrzanym o wykorzystywanie dziecka – inny dla Watykanu, inny na potrzeby diecezji  
  • diecezja Cloyne nie wprowadziła – pomimo wielokrotnych zapewnień, że tak się stało – w życie procedur ustalonych przez Kościół dotyczących zgłaszania przypadków nadużyć seksualnych  
  • w jednym z przypadków opisanych w raporcie wikariusz generalny diecezji – Denis O’Callaghan – zataił przed władzami personalia sprawcy i chciał wpłynąć na dochodzenie próbując wyznaczyć konkretnego oficera policji do zajmowania się sprawą
  • poruszające wyniki dochodzeń były dodatkowo pogłębione postawą Watykanu, który wspierał osoby przeciwstawiające się wytycznym ustalonym przez Kościół w Irlandii; raport stwierdza, że postawa Watykanu była „całkowicie nieakceptowalna”
  • komisja przygotowująca raport, która poprosiła nuncjusza apostolskiego o informacje dotyczące prowadzonego dochodzenia, otrzymała odpowiedź, że nuncjatura „nie może w tym względzie pomóc”.

W dziewięcioleciu, które było dla irlandzkiego kościoła naznaczone skandalami seksualnymi, zanotowano najbardziej gwałtowny spadek uczestnictwa wiernych we mszach z 90% w latach 70. i 81% (1990) do 44% (2005). 

Irlandczycy zaczęli na niespotykaną wcześniej skalę odwracać się od Kościoła i podnosić głosy sprzeciwu i ostrej krytyki na każdą próbę przypomnienia wiernym o katolickiej etyce seksualnej i moralności. 

Ponad 2/3 Irlandczyków jest zdania, że Kościół zawiódł i utracił autorytet moralny. 

Kryzys zaufania do Kościoła w irlandzkim społeczeństwie był na tyle duży, że wpłynął na spadek liczby powołań kapłańskich i rezygnację z posługi wielu duchownych.