W 1995 roku tygodnik „Profil” opublikował wyznania jednego z byłych uczniów ówczesnego konserwatywnego arcybiskupa Wiednia – kardynała Hansa Hermanna Groër. 

Mężczyzna poinformował, że jako uczeń w katolickim internacie był przed kilkunastoma laty molestowany seksualnie przez księdza Groëra. Pomimo ujawnienia zarzutów wobec niego innych kleryków, Groër nie przyznał się do winy. 

Coraz większa część episkopatu Austrii zaczęła mieć jednak wątpliwości w niewinność kardynała, a opinia publiczna domagała się śledztwa w tej sprawie. Po kilku miesiącach Groër podał się do dymisji i na rozkaz papieża Jana Pawła II opuścił Austrię w 1998 roku. Nie rozpoczęło się przeciwko niemu śledztwo urzędowe, gdyż uległo przedawnieniu. Zmarł w 2003 roku.

W 2004 roku Austrię obiegły informacje o posiadaniu przez kleryków w seminarium duchownym w St. Pölten pornografii dziecięcej i fotografie seminarzystów w niedwuznacznych pozach razem z wykładowcami. 

Skandal w seminarium zbagatelizował miejscowy biskup Kurt Krenn, choć jak zdradził wiedeński kardynał Christoph Schönborn, że od dawna informował Watykan o tym, co się dzieje w St. Pölten, ale otoczenie Papieża zwlekało z decyzją. 

Seminarium zostało ostatecznie zamknięte, a kontrowersyjny biskup Kurt Krenn na skutek presji społecznej i kościelnej podał się do dymisji.

Na skutek ujawnienia przestępstw seksualnych duchownych z Kościoła wystąpiło w 2010 roku 100 tys. wiernych.